马来西亚海南会馆联合会成立于1933年11月15日，原名“南洋英属琼州会馆联合会”（The Kiung Chow Hwee Kuan Union of Malaya），会址设于新加坡琼州会馆，首三届会长是陈开国先生，现任会长是林秋雅女士。
1940年，中日战争爆发，会所则迁往马六甲。1945年日本投降，又迁回新加坡琼州会馆。
1957年马来亚独立，琼联会办事处由新加坡迁至吉隆坡苏丹街雪隆海南会馆。1964年，为了配合马来西亚成立，改名为“马来西亚琼州会馆联合会”。1990年，改称“马来西亚海南会馆联合会”（The Federation of Hainan Association Malaysia）。
本会是马来西亚海南族群的领导机构，现拥有76个属会，会员总计4万余人。海南族群占全马总人口约40万人。1968年成立青年团，拥有56个属团；1997年成立妇女团，拥有49个属团。
1954年海南联会设立大学奖学金及1959年设立大学贷学金。2010年增设技职学院贷学金，2011年再设立硕士学位贷学金，2013年设立符懋濂教育奖学金。
1997年成功集资购得吉隆坡陆佑路三间毗连式四层半店铺。其后，在拿督张文强领导下，第31届常委又毅然向银行贷款560万元，购得吉隆坡富都路八层半大厦作为海南大厦，并于2001年8月6日由吉隆坡苏丹街旧址迁入办公。于2003年10月12日隆重举行海南大厦开幕及庆祝成立70周年双喜庆典。
1999年受托主办“第6届世界海南乡团联谊大会”。
2018年本会设立马来西亚海南文物馆，展示先辈南来历史。2021年12月18日，举行第41届会员代表大会通过使用海南联会M楼，作为设立马来西亚海南文物馆之用途。
2018年1月5日，成立马来西亚海南总商会。
近年来本会和海南省及世界海南乡团联系频密，藉此推动和国外同乡之间经济、教育、文化之交流，为提高我族群之地位而努力。
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